本文根据Elecbyte提供的更新履历以及个人经验所写，附带部分主观内容，如有错误实属本人能力有限，请谨慎观看。同时，本人并非专业人物作者，仅仅对主程序略知一二，所以对于人物方面的区别不会着重介绍而将重点放在主程序上。
1.发布时间
总之，Win、1.0、1.X都是由Elecbyte制作，都属于官方产品，其中1.1属于最新版，Win属于最旧版，详情见MUGEN-版本更迭与主程序克隆 。
2.游戏开发库
在Win版主程序中，MUGEN采用著名的winAllegro（一个开源的游戏开发程序库），Win版主程序中附带了ALLEG40.DLL这一文件，这是Allegro4.0的静态链接库文件。
Allegro4.0是Allegro第一个多平台的较为稳定的版本，其发布时间为2001年，距今已经有18年的时间，目前Allegro依然保持更新。
在1.X版主程序中，MUGEN并没有继续采用更新的Allegro，而是选择了SDL（Simple DirectMedia Layer），SDL同样是一个开源的多媒体开发程序库。
相关链接：Github-Allegor5、Allegor官网、SDL官网
基于上述所说的差别，由于Win使用的Allegro版本过低，而1.X又使用了具有重大更新的SDL2.0，所以在画面上1.X具备了很大的优势，具体表现为：
(1)Win版支持DirectX以及GDI绘制，而1.X添加了OpenGL支持
在1.0版本中，OpenGL模式（RenderMode=OpenGLScreen）首次出现，到了1.X，OpenGL模式逐步被完善（RenderMode=OpenGL）。
实际上DirectX也不错，但是MUGEN一直使用的是DirectX5这个版本，这个版本发布时间为1997年，即使到了1.1这个适应的Dx版本依然没有更新，所以效果并不如OpenGL。
(2)对于图像的支持
在Win版本中，MUGEN仅能显示索引图像（8位）；到了1.0，依旧没有改变（源于OpenGL模式的不完善）；到了1.1，MUGEN开始支持显示RGB和RGBA图像，即在OpenGL下同时支持显示索引图像和真彩图像（8/24/32位）。
同时在渲染过程中，Win版本和1.0版本只能直接渲染PCX图像，到了1.1新支持了PNG图像渲染。
(3)对于界面的配置
在1.1中，MUGEN新支持了垂直回扫（VRetrace）、窗口拉伸（Resizable）、画面拉伸（KeepAspect）以及画面包和场景自适应（SystemFit、StageFit）。
(4)关于字体
Win版仅支持位图字体，而使用了SDL的1.X则支持矢量字体，同时位图字体支持的图像同时更新（同上）。
(5)渲染
1.0开始对MUGEN大部分的画面渲染（部分或者完全）重写，提高了渲染性能。
3.音乐引擎
详见MUGEN-音乐插件 ，1.X开始支持音乐循环点控制。
4.人物
1.X相对于Win，添加了Sctrl：RemapPal、VictoryQuote
1.0相对于Win，添加了Trigger：AILevel、Cond、Const240p、Const720p、GameHeight、GameWidth、StageVar
1.1相对于1.0，添加了Trigger：BackEdge、BottomEdge、CameraPos、CameraZoom、FrontEdge、LeftEdge、RightEdge、ScreenHeight、ScreenWidth、TopEdge
1.1开始AIR支持缩放、旋转以及线性插值，坐标支持浮点数值，详见画面元素；同时Explod支持angle参数。
CNS优化更新略。
5.场景
在1.0中，场景添加了参数：overdrawhigh、overdrawlow 、cuthigh、cutlow、localcoord、xscale、yscale、bgmvolume（替换bgvolume）、bgmloopstart、bgmloopend、hires
在1.1中，场景添加了参数：zoomout、zoomin、tensionhigh、tensionlow
在1.1中，添加了缩放特性，添加了zoom*参数的场景将具有动态镜头。
6.画面包
1.0添加了信息框的定义：[Infobox]和[InfoText]；
1.0添加了血条参数：p*.name.scale、scale（FightFx）；
1.0添加了参数：{title, select, vs, victory}.bgm.loopstart、fight.stopbgm
1.0添加了故事版参数：bgm.loopstart, bgm.loopend
同时，1.0也发布了新版的SFF格式，即SFFV2.00，支持内置色表，自带压缩算法。
1.1添加了元素参数：maskwindow、startscale、scaledelta、zoomdelta
1.1添加了动态类型的视差元素（Anim parallax）。
1.1添加了FontV2参数：banktype
同时，1.1也发布了新版的SFF格式，即SFFV2.01，支持PNG8/24/32。
7.本地化
1.X开始在mugen.cfg添加了Language参数，具体的值可见List_of_ISO_639-1_codes
使用此参数，画面包作者可以根据不同语言制作不同的界面实现本地化，具体见docs/localization.html
8.Coordinate Space
1.X开始在人物、场景、画面包均添加了localcoord参数，用于不同分辨率互相之间的适应，该参数有很多重要的用途，具体见docs/coordspace.html
9.控制台
1.1开始添加了控制台，用于调试，使用快捷键Ctrl+~调用。
在1.1B1，控制台的命令经过预设（docs/mconsole.html），可通过命令help查看；在1.1A4，控制台的命令通过Lua实现。
10.Lua
1.1开始添加了Lua系统，在1.1A4中用户可以通过定义Lua文件为主程序扩展功能，在1.1B1中此功能被关闭。
相关教程：（待添加）